目前，大多数施工企业通常采用的是“三级管理、三级核算”管理模式，即：公司本部、子公司、各独立核算的分公司或项目部。
大多数施工企业设立了内部审计机构，取得了一定的成效。但由于施工企业存在工程项目点多面广、组织形式多样化、资源配置不统一、人员流动性较大等行业特点，使其内部审计体系尚不能适应实际工作中存在的诸多困难，影响了内部审计作用的充分发挥，构建和有效实施内部审计体系已成为当前施工企业急需解决的问题。
一、施工企业内部审计体系构建存在的主要问题
施工企业日渐成熟的公司治理结构，使得建立健全相关的内部审计体系显得尤为重要。施工企业内部审计的发展时间比较短，内部审计体系尚在建立健全过程中，内部审计体系的构建主要存在以下问题。
1. 认识不全面，作用难以发挥。
一是部分内部审计人员没有认识到内部审计为企业管理服务的职能，完全把自己定位在监督者的地位，过分强调内部审计的独立性和权威性，从而容易引起企业其它部门的反感，产生对立情绪，增加了审计的阻力，影响了正常内部审计工作的开展。二是部分企业领导者对内部审计的监督和服务职能缺乏了解，对内部审计机构不太重视，在进行企业机构改革时，将内部审计机构和内部审计人员撤并到财务部门，或单一地从财务部门中分离出内部审计机构和内部审计人员，使内部审计机构难以发挥作用。
2. 内审机构的设置不统一，缺乏应有的独立性。一是法律法规没有明确规定我国内部审计机构在公司法人治理结构中的地位。二是隶属关系极不统一：有对财务副总（财务总监）负责的，有对总经理负责的，还有内部审计机构设在董事会或监事会的。由于施工企业内部审计机构及人员是受本部门、本单位的直接领导，在实际工作中，内部审计机构与被审计单位之间必然存在或多或少的利益关系，而内部审计人员与被审计单位及其人员也存在各种不同形式的利害关系，因此，从形式到实质上，内部审计缺乏应有的独立性。
3. 内审人员业务素质不一，难以满足审计需要。施工企业内部审计机构审计人员大多数是财会人员，而工程项目管理、材料采购管理、法律业务等专业人才缺乏，使得内部审计机构的结构不尽合理。内部审计人员知识结构比较单一，理论水平和业务技能偏低，而且施工企业内部审计人员大多来自基层财务领域，知识面有限，难以满足内部审计的需要。
4. 企业内部环境影响较大，存在诸多审计风险。实际审计过程中，被审计单位或相关负责人往往为了维护自身利益，提供虚假信息资料，或是设置各种障碍阻止审计人员的查验、取证等，增加了内部审计工作的难度，严重影响了内部审计作用的发挥。另一方面，由于施工企业工程项目收入的不确定性，工程项目结算的滞后性，为内部审计工作带来了风险。另外，跨年度施工和分包工程中，总包方难以及时办理分包方的过程结算，为审计结果的不确定性埋下了伏笔，使内部审计存在诸多风险。
二、建立有效内部审计体系的措施
目前施工企业内部审计体系，不能满足建立现代企业制度的需要，不能满足企业强化内部控制，提高其抵御风险的能力的需要。因此，建立健全有效的内部审计体系，确保内部审计独立、客观、高效的工作，是当前十分迫切的任务。
1. 转变审计目标定位和审计理念。
我国内部审计是源于企业内部查错防弊、加强内部控制的需要建立的，主要是履行监督职能，内部审计工作的重心局限于财务收支审计和合规性审计。但是，随着企业经营的外向化和复杂化，企业所面临的风险也日益增加。内部审计若只停滞在履行监督职能，而不能为企业创造价值或提升企业的价值，必将损害内部审计存在的根基。仅有监督职能的内部审计已越来越不适应现代企业发展的需要，审计目标定位应该转向为管理审计，以提高企业经济效益为核心，将监督融于加强企业风险管理、完善公司治理，为实现企业经营目标提供增值服务。相应的，内部审计目标的多元化也促使审计理念要转变。在企业里，内部审计人员已不是单一的监督者，而更应该是企业风险的防护者，发现风险领域问题并与相关人员一起解决，同时还要发掘改进企业经营管理的渠道，为各部门提供积极有效的建议。
2. 完善公司治理结构和健全内部审计机构。
