垫资施工案件处理应注意的原则及时处理原则。由于诉讼期间建筑施工合同停止履行会涉及多方面的利益，对建设单位而言按时交付工程可以如期将房产投入市场以获取利益；施工单位在审理过程中不免要承担停工损失等；银行贷款如不能及时返还会导致罚息的增加；材料商、劳务费等费用的利息也日益加大。如果诉讼期间过长，难免使这些相关损失不断扩大。故法院在审理中应本着及时审理的原则。
全面处理原则。在审理实践中，如果仅限于处理建设单位和施工单位之间的矛盾，而不考虑其他各方面的因素，就会形成与施工有关的其它债权人利益的难以实现。在笔者审理的案件中，由于类似问题而导致的冲突使施工单位已处于无法经营的状态，是法院通过将诉讼保全的部分款项（建设单位认可的欠款部分）先予执行并发放给债权申请人，才避免了矛盾激化。故在审理中应同时注重其他债权人的合法权益。所谓全面处理，就是指在审理中全面考虑其他债权人的主张。当然这是以其它债权人向法院提出申请并经过法院确认为前提。特殊处理原则。对于案件的不同情况，案情的不同发展，法院在审理中也应本着不同的处理方针。对于房地产案件这种事实复杂、争议内容多样的案件，在立法实践中也出台了不少根据实际情况分别解决纠纷的法律和法规。例如最高人民法院对于房地产开发联建中的无效合同的处理办法，就并非以无效合同一概而论，而是针对三种不同的情况作出了三种规定，对于实践非常有指导意义。故笔者认为对于垫资建房合同的处理办法亦应根据合同的多种履行现状有特殊性、针对性地进行处理。
审执结合处理原则。对于这类社会影响较大、涉及面较广的案件，法院除应保证一个案件顺利的审理完结，亦应尽可能地保证在执行过程中社会多方面利益的真正实现，这也是法院审理案件、解决纠纷的最终目的。为了达到这一目的，笔者认为：重点应采取合理合法的方式对建设单位的房产（就是施工单位垫资施工的房产）进行诉讼保全措施，具体做法应以既能保证施工单位垫资投入的金额，又不影响工程的进一步施工为原则。单纯的冻结财产只会造成停工损失的无端扩大，原被告双方均会由此而产生新的纷争。审理期间的保全措施应以保障执行工作顺利进行为根本，不能代替执行。但如果审理期间这方面的措施不能完备，建设单位一旦将项目转让或将竣工的房产售出后不支付工程款，就会使当事人及其他债权申请人的利益付诸东流，案件审理也就失去了其真正意义。另外，笔者在审理实践中还发现，一些施工单位不通过合法的手段自行采取强制措施，如，占据施工现场及强占竣工工程以达到其索要工程款的目的。
垫资施工纠纷的具体处理
未实际履行的合同。双方在签订了有关垫资合同之后，施工单位尚未进场开工或仅仅是办理了开工手续双方即产生矛盾。在该种情况下，人民法院首先应对合同中的无效部分作出认定，如果双方对继续履行合同达成共识，法院可以要求双方变更或重新修订原合同，使合同符合国家法律的规定。如果已无继续履行合同的可能性，法院可以对该合同在实际履行之前双方的投入进行审核，一般建设单位会提出办理开工手续、合同鉴定等费用；施工单位会发生进场或进场前的准备费用等，笔者认为：对双方的上述费用，可以根据无效合同的过错原则双方应各自承担，损失各自承担进行处理。
已履行完毕的合同。这里所谓的“履行完毕”主要指施工单位承建的工程确已竣工，而建设单位拒不履行验收或验收后拒不结算义务的阶段。对于工程本身而言，往往具备了投入正常使用的条件，此时不可能以合同无效的理由要求施工单位将工程恢复原状。同时，建设单位如果要获取竣工工程，也理应以支付施工单位工程款为前提。故对于双方已履行完毕的合同解决重点应放在工程款的结算上。笔者认为：工程的结算可以主要根据原合同约定的结算方式，并结合法定标准进行。
部分履行的合同。该类纠纷在实际处理中较为复杂。因直接涉及到工期、工程质量，所以在处理中对涉及到每一问题均应分别情况具体处理。
工程质量问题。由于工程尚未全部完工，故对已完成部分的质量验收成为难题。按照国家质量检验的有关规定，工程的验收应在工程全部完工之后进行，但由于合同仅履行了其中一部分，全部工程尚未竣工，故国家质检部门对此验收申请一般不予受理。那么此阶段的工程验收则主要应以在施工阶段双方的分段验收和有关工程监理的报告为依据，分别对隐蔽工程和表露工程进行书面验收。如，无完整的验收记录，则应分清责任各自进行承担。
